Nhiều giáo viên cho rằng, mục đích và định hướng của các trường THPT Chuyên là chọn ra những học sinh năng khiếu cho từng môn học dạng đơn môn. Như vậy thì việc thi tuyển và việc học khoa học tự nhiên sẽ không giống nhau. Chúng ta không thể nào bắt ép học sinh học tốt và học đều ba môn học: lý-hóa-sinh.
Hiện nay cả nước có 77 trường chuyên (7 hoặc 8 lớp chuyên cho một khối) với khoảng 67.500 em, chiếm 2,7 % học sinh THPT. Hầu hết các trường chuyên đều mở các lớp cận chuyên cho học sinh không đỗ vào trường chuyên. Số học sinh trường chuyên và cận chuyên (hệ chuyên) nhiều ngang nhau.